Se brinda servicio de encomienda con total seguridad para todos los usuarios y personas externas que así lo necesiten. Se brinda conforme al horario de cada bus a los diferentes destinos: San Isidro-Quepos y Quepos-San Isidro, San Isidro-Dominical y Dominical-San Isidro, San Isidro-Uvita y Uvita-San Isidro, San Isidro-Ciudad Cortés, Ciudad Cortés-San Isidro, San Isidro-Palmar Norte, Palmar Norte-San Isidro, San Isidro Puerto-Jiménez, Puerto Jiménez-San Isidro, Puerto Jiménez-San José, San José-San Isidro, San Isidro-San José y San José-Puerto Jiménez, estas se envían y recogen en sus respectivas terminales.
Nota: En lugares como Dominical, Uvita, Quepos y Ciudad Cortés no hay terminal. El conductor del autobús es el encargado de entregar y recibir la encomienda.
